Генетическое разнообразие сортов сельскохозяйственных культур необходимо оценивать с привлечением современных молекулярных маркеров. Одним из наиболее перспективных и простых методов генетического анализа растений является межмикросателлитное маркирование (ISSR). Целью данного исследования является изучение полиморфизма сортов прядильного и масличного льна, включенных в Государственный реестр селекционных достижений Российской Федерации, а также стародавних кряжевых форм льна-долгунца с использованием ISSRмаркеров. Объектом исследования служили 83 образца из коллекции Федерального научного центра лубяных культур, из них 24 сорта льна масличного, 56 сортов льна-долгунца отечественной и зарубежной селекции и три кряжевые формы из Центрального Нечерноземья. Генетический анализ проводили методом ПЦР с использованием набора из 25 ISSR-праймеров, детекцию продуктов амплификации – с помощью электрофореза в 1,5%-ном агарозном геле. Основываясь на внутривидовом разделении льна на масличные и прядильные формы, кластерный анализ по результатам ISSR-маркирования был проведен не в объединенной совокупности образцов, а независимо в каждой из двух групп, что позволяет повысить надежность выводов о существующих зависимостях. Дендрограммы генетического подобия исследованных образцов масличного и прядильного льнов рассматривались отдельно друг от друга. В результате проведенного анализа выявлено, что сорта масличного льна разделены на пять кластеров. Установлены зависимости, связанные с их происхождением (оригинатором сорта) и содержанием масла в семени. Дендрограмма сортов льнадолгунца и его кряжевых форм выявила три основные неравномерные по составу группы, включающие 12 подкластеров. Практически каждая группа имеет свою характерную особенность, не связанную с географией происхождения. Группировка сортов произошла, преимущественно, на основании различных их характеристик по содержанию льноволокна, срокам созревания и устойчивости к стрессовым факторам среды. Результаты исследования показали на целесообразность использования ISSR-маркеров в качестве адекватного и доступного метода для разработки элементов маркер-ассоциативной селекции лубяных культур.