Криворучко Александр Юрьевич, доктор биол. наук, главный научный сотрудник лаборатории геномной селекции и репродуктивной криобиологии в животноводстве, Всероссийский научно-исследовательский институт овцеводства и козоводства – филиал
д. 15, пер. Зоотехнический, г. Ставрополь, 355017
Alexander Yu. Krivoruchko, DSc in Biology, chief researcher, the Laboratory of Genomic Breeding and Reproductive Cryobiology in Animal Husbandry, VNIIOK – branch
15, lane Zootechnical, Stavropol, 355017
Каниболоцкая Анастасия Александровна, кандидат биол. наук, старший научный сотрудник лаборатории геномной селекции и репродуктивной криобиологии в животноводстве, Всероссийский научно-исследовательский институт овцеводства и козоводства – филиал
д. 15, пер. Зоотехнический, г. Ставрополь, 355017
Anastasia A. Kanibolotskaya, PhD in Biology, senior researcher, the Laboratory of Genomic Breeding and Reproductive Cryobiology in Animal Husbandry, VNIIOK – branch
15, lane Zootechnical, Stavropol, 355017
Скорых Лариса Николаевна, доктор биол. наук, главный научный сотрудник лаборатории геномной селекции и репродуктивной криобиологии в животноводстве, Всероссийский научно- исследовательский институт овцеводства и козоводства – филиал
д. 15, пер. Зоотехнический, г. Ставрополь, 355017
Larisa N. Skorykh, DSc in Biology, chief researcher, the Laboratory of Genomic Breeding and Reproductive Cryobiology in Animal Husbandry, VNIIOK – branch
15, lane Zootechnical, Stavropol, 355017
Криворучко Ольга Николаевна, аспирант, Всероссийский научно-исследовательский институт овцеводства и козоводства – филиал
д. 15, пер. Зоотехнический, г. Ставрополь, 355017
Olga N. Krivoruchko, graduate student, VNIIOK – branch
15, lane Zootechnical, Stavropol, 355017
Однонуклеотидные полиморфизмы (SNP), как наиболее важный тип генетической изменчивости, широко используются для подтверждения происхождения сельскохозяйственных животных и играют важную роль в селекции и разведении. Наиболее важным преимуществом при идентификации аллелей SNP является точность, что позволяет с уверенностью определять генотип. AgriSeq (ThermoFisher (США)) – это технология секвенирования, которая может быть использована для целенаправленной амплификации и повторного секвенирования тысяч мишеней SNP в рамках одной реакции. Этот метод специально адаптирован для животноводства и уже содержит готовые панели для некоторых видов домашних животных, однако, для использования их у овец необходимо провести предварительный отбор локусов, пригодных для генотипирования секвенированием. Цель работы: изучить эффективность выявления и распространенности локусов из предложенного набора SNP при обследовании новых поколений овец породы джалгинский меринос. Материалом для исследования послужили данные таргетного секвенирования геномов овец российских пород по сформированному набору локусов с целью выявления однонуклеотидных полиморфизмов. Предложенная панель локусов, модифицированная после валидации на втором поколении животных, содержит 352 замены, пригодных для генотипирования секвенированием и 413 полиморфизмов, ассоциированных с мясной продуктивностью животных. Оценка частоты встречаемости полиморфизмов, имеющих достоверную связь с показателями мясной продуктивности, между группами 2021 и 2022 года рождения показала, что большинство замен почти не различаются по частоте встречаемости между поколениями. Полученные в результате исследований показатели частоты встречаемости замен в группе выбранных животных позволяют сделать заключение, что выбранные нами полиморфизмы находятся в локусах, не подверженных существенным перестройкам в течение нескольких поколений, и могут быть информативны в течение достаточно длительного времени.
Single Nucleotide polymorphisms (SNP) as the most important type of genetic variability are widely used to confirm the origin of farm animals and they play an important role in breeding and raising. Their most important advantage in the identification of SNP alleles is accuracy which makes it possible to determine the genotype precisely. AgriSeq (ThermoFisher (USA)) is a sequencing technology that can be used to purposefully amplify and re-sequence thousands of SNP targets in a single reaction. This method is specially adapted for animal husbandry and already contains ready-made panels for some types of domestic animals. However, in order to use them in sheep, it is necessary to pre-select loci suitable for genotyping by sequencing. The purpose of the work is to study the effectiveness of identifying and prevalence of loci from the proposed set of SNPs in the examination of new generations of sheep of the Dzhalginsky Merino breed. The material for the study was data from targeted sequencing of the genomes of Russian sheep breeds according to the formed set of loci in order to identify single-nucleotide polymorphisms. The proposed panel of loci, modified after validation on the second generation of animals, contains 352 substitutions suitable for genotyping by sequencing and 413 polymorphisms associated with meat productivity of animals. An assessment of the frequency of polymorphisms with a reliable relationship with meat productivity indicators between the groups born in 2021 and 2022 has shown that most substitutions almost do not differ in frequency between generations. The indicators of the frequency of occurrence of substitutions in the group of selected animals obtained as a result of research indicate that selected polymorphisms are located in loci that are not subjected to significant rearrangements for several generations and can be informative for quite a long time.
The authors declare that there are no conflicts of interest present.