Preview

Аграрная наука Евро-Северо-Востока

Расширенный поиск

Полиморфизм SNP rs80867243, rs81379421 и rs81236069 у свиней материнских пород

https://doi.org/10.30766/2072-9081.2018.65.4.98-102

Полный текст:

Аннотация

Полногеномные ассоциативные исследования (GWAS) находят все большее применение при изучении генетической архитектуры репродуктивных признаков свиней. По результатам этих исследований установлено 47 SNPs, связанных с многоплодием свиноматок европейских пород (крупная белая, йоркшир, ландрас), которые представлены в базе данных PigQTLdb. Цель данной работы - разработать методику тестирования SNPs rs80867243 (SSC5), rs81379421 (SSC3), rs81236069 (SSC10) методом ПЦР-ПДРФ и оценить их полиморфизм у свиней материнских пород, разводимых в условиях племенных хозяйств РФ. Исследования проводили на свиньях породы крупная белая (n = 60 гол.) и ландрас (n = 63 гол.). Позиции SNP определяли по последней сборке генома свиней (Sus scrofa 11.1) в базе данных Ensembl. Олигонуклеотидные праймеры и эндонуклеазы рестрикции для идентификации SNP методом ПЦР-ПДРФ подбирали с помощью программ Primer-BLAST и NEBcutter V2.0 соответственно. По результатам молекулярно-генетических исследований установлено, что свиньи породы ландрас полиморфны по всем исследуемым SNPs. Частоты аллелей A и G по SNPs rs80867243, rs81379421 и rs81236069 составили 0,81 и 0,19; 0,43 и 0,57; 0,21 и 0,79 соответственно. У свиней крупной белой породы установлено наличие полиморфизма по SNPs rs81379421 и rs81236069, частоты аллелей A и G составили 0,07 и 0,93; 0,30 и 0,70 соответственно. В работе представлены методики тестирования SNPs rs80867243, rs81379421 и rs81236069, которые могут быть использованы в дальнейших исследованиях на поголовье свиней, разводимых в племенных хозяйствах РФ, а также при изучении ассоциативных связей SNPs с воспроизводительными качествами.

Об авторах

Л. В. Гетманцева
ФГБНУ ФНЦ Всероссийский институт животноводства им. Л.К. Эрнста
Россия


М. А. Колосова
ФГБОУ ВО «Донской государственный аграрный университет»
Россия


С. Ю. Бакоев
ФГБНУ ФНЦ Всероссийский институт животноводства им. Л.К. Эрнста
Россия


М. С. Форнара
ФГБНУ ФНЦ Всероссийский институт животноводства им. Л.К. Эрнста
Россия


Н. В. Бардуков
ФГБНУ ФНЦ Всероссийский институт животноводства им. Л.К. Эрнста
Россия


Т. В. Карпушкина
ФГБНУ ФНЦ Всероссийский институт животноводства им. Л.К. Эрнста
Россия


Список литературы

1. Stranger B., Stahl E., Raj T. Progress and Promise of Genome-Wide Association Studies for Human Complex Trait Genetics. Genetics. 2011. 187(2): 367-383.

2. Jiang Z., Wang H., Michal J.J., Zhou X., Liu B., Woods L.C.S., Fuchs R.A. Genome Wide Sampling Sequencing for SNP Genotyping: Methods, Challenges and Future Development. Int J Biol Sci. 2016. 12(1):100-108. DOI:10.7150/ijbs.13498.

3. Aliloo H., Pryce J. E., Gonzalez-Recio O., Cocks B. G., Hayes B. J. Accounting for dominance to improve genomic evaluations of dairy cows for fertility and milk production traits. Genet. Sel. Evol. 2016. 48:186. DOI: 10.1186/s12711-016-0186-0.

4. Guo Y., Huang Y., Hou L., Ma J., Chen C., Ai H., Huang L., Ren J. Genome-wide detection of genetic markers associated with growth and fatness in four pig populations using four approaches. Genetics, Selection, Evolution: GSE. 2017. 49:21. DOI: 10.1186/s12711-017-0295-4.

5. Sell-Kubiak E., Duijvesteijn N., Lopes M.S., Janss L.L.G., Knol E.F., Bijmaand P., Mulder H.A. Genome-wide association study reveals novel loci for litter size and its variability in a Large White pig population. BMC Genomics. 2015. 16:1049. DOI: 10.1186/s12864-015-2273-y.

6. Wu P., Yang Q., Wang K., Zhou J., Ma J., Tang Q., Jin L., Xiao W., Jiang A., Jiang Y., Zhu L., Li X., Tang G. Single step genome-wide association studies based on genotyping by sequence data reveals novel loci for the litter traits of domestic pigs. Genomics. 2018. 110(3): 171-179. DOI: 10.1016/j.ygeno.2017.09.009.

7. Haggman J., Uimari P. Novel harmful recessive haplotypes for reproductive traits in pigs. J Anim Breed Genet. 2017. 134(2):129-135. DOI: 10.1111/jbg.12240.

8. Garrick D.J. The role of genomics in pig improvement. Animal Production Science, 2017. 57: 2360-2365. DOI: 10.1071/AN17277.

9. Клименко А.И., Колосов А.Ю., Леонова М.А., Гетманцева Л.В., Бакоев С.Ю., Радюк А.В., Романец Е.А. Породная дифференциация желательных генотипов гена PRLR у свиней // Сибирский вестник сельскохозяйственной науки. 2017. Т. 47. № 4 (257). С. 32-37.

10. Knol E.F., Nielsen B., Knap P.W. Genomic selection in commercial pig breeding. Animal Frontiers. 2016. 6(1): 15-22. DOI: 10.2527/af.2016-0003.

11. He L.C., Li P.H., Ma X., Sui S.P., Gao S., Kim S.W., Gu Y.Q., Huang Y., Ding N.S., Huang R.H. Identification of new single nucleotide polymorphisms affecting total number born and candidate genes related to ovulation rate in Chinese Erhualian pigs. Animal Genetics. 2016. 48: 48-54. DOI: 10.1111/age.12492.

12. Ma X., Li P.H., Zhu M. X., He L.C., Sui S.P., Gao S., Su G.S., Ding N.S., Huang Y., Lu Z.Q., Huang X.G., Huang R.H. Genome-wide association analysis reveals genomic regions on Chromosome 13 affecting litter size and candidate genes for uterine horn length in Erhualian pigs. Animal. 2018. 14: 1-9.

13. Samorè A.B., Fontanesi L. Genomic selection in pigs: state of the art and perspectives. Italian Journal of Animal Science. 2016. 15(2): 211-232. DOI: 10.1080/1828051X.2016.1172034.

14. Zhang T., Wang L-G., Shi H-B., Yan H., Zhang L-C., Liu X., Pu L., Liang J., Zhang Y-B., Zhao K-B. Hritabilities and genetic and phenotypic correlations of litter uniformity and litter size in Large White sows. J. Integr. Agric. 15. 2016. 848-854. DOI: 10.1016/S2095-3119(15)61155-8.

15. Bergfelder-Drüing S., Grosse-Brinkhaus C., Lind B., Erbe M., Schellander K., Simianer H., Tholen E. A Genome-Wide Association Study in Large White and Landrace Pig Populations for Number Piglets Born Alive. PLoS ONE. 2015. 10(3). e0117468. DOI: 10.1371/journal.pone.0117468.


Для цитирования:


Гетманцева Л.В., Колосова М.А., Бакоев С.Ю., Форнара М.С., Бардуков Н.В., Карпушкина Т.В. Полиморфизм SNP rs80867243, rs81379421 и rs81236069 у свиней материнских пород. Аграрная наука Евро-Северо-Востока. 2018;65(4):98-102. https://doi.org/10.30766/2072-9081.2018.65.4.98-102

For citation:


Getmantseva L.V., Kolosova M.A., Bakoev S.Yu., Fornara M.S., Bardukov N.V., Karpushkina T.B. SNP polymorphism rs80867243, rs81379421 and rs81236069 in pigs of maternal breeds. Agricultural Science Euro-North-East. 2018;65(4):98-102. (In Russ.) https://doi.org/10.30766/2072-9081.2018.65.4.98-102

Просмотров: 228


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2072-9081 (Print)
ISSN 2500-1396 (Online)