Полиморфизм тРНК^Leu и тРНК^Ser митохондриальной ДНК свиней различных пород

Анализ последовательности митохондриальной ДНК (мтДНК), имеющей материнский характер наследования, служит эффективным способом оценки индивидуальных особенностей коммерческих линий. В работе проведен анализ вариабельности последовательностей генов тРНК^Ser и тРНК^Leu мтДНК у свиней различных пород. В качестве объектов исследования были выбраны гены мтДНК тРНК^LeuІ, тРНК^Leu2, tRNA^SerI, tRNA^Ser2. Для изучения последовательностей из базы National Center for Biotechnological Information (NCBI) были выбраны данные по свиньям различных пород. Выравнивание нуклеотидных последовательностей проводили с использованием программы BioEdit. Анализ последовательностей показал наличие полиморфизмов во всех изучаемых генах. Всего установлено шесть полиморфных сайтов, которые представлены транзициями. Анализ гена тРНК^LeuІ показал наличие замены A/G в позиции 3892 ии у свиней китайской селекции породы Wuzhishan и свиней японской селекции Luchuan, а также замены С/T в позиции 3907 п.н. у шведского дикого кабана. По гену тРНК^Leu2у большинства исследуемых пород отмечено одновременное присутствие двух транзиций в позиции 12879 п.н., что обуславливает замену А/G и в позиции 12883 п.н. и соответствует замене С/Т. В результате исследований по гену тРНК^Ser1 установлено наличие одной транзиции А/G в позиции 8103 п.н. у свиней крупной белой породы корейской селекции. Полиморфизм гена тРНК^Ser2 представлен трансзицией Т/С в позиции 12838 п.н. у итальянского дикого кабана. Наибольшее количество полиморфизмов встречалось у свиней крупной белой породы корейской и китайской селекции, а также у представителей итальянского дикого кабана. Изучение полиморфизма мтДНК племенных свиней позволит установить возможные ассоциативные связи и разработать мтДНК-маркеры, которые могут быть использованы в программах по совершенствованию и созданию племенных ресурсов в свиноводстве.

свиньи, мтДНК, последовательность, тРНК^SerІ, тРНК^Ser2

1. Getmantseva L., Kolosov A., Leonova M., Bakoev S., Klimenko A., Radyuk A., Vaselenko V., Bakoev N., Usatov A., Makarenko M. Polymorphisms in obesity-related leptin gene and its association with reproductive traits of sows. Bulgarian Journal of Agricultural Science. 2017. Т. 23. № 5. С. 843-850.

2. Kijas J.M. and Andersson L. A phylogenetic study of the origin of the domestic pig estimated from the near-complete mtDNA genome J. Mol. Evol. 52 (3), 302-308 (2001).

3. Yang J., Wang J., Kijas J., Liu B., Han H., Yu M., Yang H., Zhao S. and Li K. Genetic diversity present within the near-complete mtDNA genome of 17 breeds of indigenous Chinese pigs J. Hered. 94 (5), 381-385 (2003).

4. Ran M., Chen B. The complete sequence of the mitochondrial genome of Luchuan pig (SusScrofa) Submitted (07-AUG-2014). Department of Animal Genetics and Breeding, College of Animal Science and Technology, Furong District, Changsha, Hunan 410128, China. Р. 2071-2072.

5. Cho I.C., Park J.J., Jeon J.T. The complete sequence of mitochondrial DNA of Berkshire (Sus scrofa). Unpublished work. National Institute of Subtropical Agriculture; R.D.A., 1696, Odeung dong, Jeju 690-150, South Korea: 2004.

6. Cannon M.V., Brandebourg T.D., Kohn M.C., Ethikic D., Irwin M.H., Pinkert C.A. Mitochondrial DNA sequence and phylogenetic evaluation of geographically disparate Sus scrofa breeds Anim. Biotechnol. 26 (1), 17-28 (2015).

7. Zhang D., Liu D., Zhang X. The distribution and relationship of China domestic pig Submitted (25-APR-2014) Animal Science, Heilongjiang Academy of Agricultural Sciences, Xuefu Road 368, Harbin, Heilongjiang 150086, China. Available at: https://www.ncbi. nlm.nih.gov/nuccore/JN601069.1 (accessed: 25.05.2018).

8. Frank K., Molnar J., Barta E., Marincs F. The full mitochondrial genomes of Mangalica pig breeds and their possible origin // Mitochondrial DNA Part B Mitochondrial DNA Part B. Vol. 2. pp 730-734. DOI: 10.1080/23802359.2017.1390415.

9. Yu H., Li L., Liu D. Phylogeography of Boar based on mtDNA evolution Submitted (08-DEC-2007) Animal Science and Technology College, Northeast Agricultural University, 59 Mucai Street, Harbin, HeiLon gjiang 150030, China. Available at: https://www.ncbi. nlm.nih. gov/nuccore/EU333163.1 (accessed: 4.06.208).

10. Alves E., Fernandez A.I., Ovilo C., Fernandez A., Rodriguez C., Sileo L. Variation in mtDNA Iberian breed Submitted (23-AUG-2007) Mejora Genetica Animal, INIA, Ctra de la Coruna Km7, Madrid 28040, Spain. Available at: https://www.ncbi. nlm.nih.gov/nuccore/