Геномная оценка и фенотипическая характеристика F2 ресурсной популяции овец
https://doi.org/10.30766/2072-9081.2019.20.5.498-507
Аннотация
Ключевые слова
Об авторах
Т. Е. ДенисковаРоссия
кандидат биол. наук, старший научный сотрудник лаборатории молекулярных основ селекции
пос. Дубровицы, д. 60, Городской округ Подольск, Московская обл., Российская Федерация, 142132
А. В. Доцев
Россия
кандидат биол. наук, ведущий научный сотрудник, руководитель лаборатории функциональной и эволюционной геномики животных
пос. Дубровицы, д. 60, Городской округ Подольск, Московская обл., Российская Федерация, 142132
С. Н. Петров
Россия
кандидат биол. наук, старший научный сотрудник лаборатории функциональной и эволюционной геномики животных
пос. Дубровицы, д. 60, Городской округ Подольск, Московская обл., Россий-ская Федерация, 142132
М. С. Форнара
Россия
кандидат биол. наук, старший научный сотрудник лаборатории молекулярных основ селекции
пос.Дубровицы, д. 60, Городской округ Подольск, Московская обл., Российская Федерация, 142132
Х. Рейер
Германия
доктор естеств. наук, постдокторант отдела геномики
Вильгельм Шталь Аллее 2, г. Думмер-сторф, Мекленбург-Передняя Померания, Германия, 18196
К. Виммерс
Германия
доктор естеств. наук, профессор факультета сельскохозяйственных и экологических наук Университета города Росток, директор
Вильгельм Шталь Аллее 2, г. Думмерсторф, Мекленбург-Передняя Померания, Германия, 18196
ORCID: http://orcid.org/, e-mail
В. А. Багиров
Россия
доктор биол. наук, профессор, член-корреспондент РАН, директор Департамента координации деятельности организаций в сфере сельскохозяйственных наук Минобрнауки России, главный научный сотрудник
пос. Дубровицы, д. 60, Городской округ Подольск, Московская обл., Российская Федерация, 142132
Г. Брем
Австрия
доктор вет. наук, профессор, иностранный академик Российской академии наук, руководитель отдела репродуктивной биотехнологии Института генетики и разведения животных
Ветеринарплац, A-1210, г. Вена, Австрия
Н. А. Зиновьева
Россия
доктор биол. наук, профессор, академик Российской академии наук, директор
пос. Дубровицы, д. 60, Городской округ Подольск, Московская обл., Российская Федерация, 142132
Список литературы
1. Kijas J. W., Lenstra J. A., Hayes B., Boitard S., Porto Neto L. R., San Cristobal M., Servin B., McCul-loch R., Whan V., Gietzen K., Paiva S., Barendse W., Ciani E., Raadsma H., McEwan J., Dalrymple B., Internation-al Sheep Genomics Consortium Members. Genome-wide analysis of the world's sheep breeds reveals high levels of historic mixture and strong recent selection. PLoS Biol. 2012;10. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1001258
2. Beynon S. E., Slavov G. T., Farré M., Sunduimijid B., Waddams K., Davies B., Haresign W., Kijas J., Mac-Leod I. M., Newbold C. J., Davies L., Larkin D. M. Population structure and history of the Welsh sheep breeds deter-mined by whole genome genotyping. BMC Genet. 2015;16:65. DOI: https://doi.org/10.1186/s12863-015-0216-x
3. Lv F. H., Agha S., Kantanen J., Colli L., Stucki S., Kijas J. W., Joost S., Li M. H., Marsan P. A. Adaptations to Climate-Mediated Selective Pressures in Sheep. Molecular Biology and Evolution. 2014; 31(12):3324-3343. DOI: https://doi.org/10.1093/molbev/msu264
4. Rochus C. M., Tortereau F., Plisson-Petit F., Restoux G., Moreno-Romieux C., Tosser-Klopp G., Servin B. Revealing the selection history of adaptive loci using genome-wide scans for selection: an example from domestic sheep. BMC Genomics. 2018;19. DOI: https://doi.org/10.1186/s12864-018-4447-x
5. Al-Mamun H. A., Kwan P., Clark S. A., Ferdosi M. H., Tellam R., Gondro C. Genome-wide association study of body weight in Australian Merino sheep reveals an orthologous region on OAR6 to human and bovine genomic regions affecting height and weight. Genet. Sel. Evol. 2015;47(1):66. DOI: https://doi.org/10.1186/s12711-015-0142-4
6. Kominakis A., Hager-Theodorides A. L., Zoidis E., Saridaki A., Antonakos G., Tsiamis G. Combined GWAS and 'guilt by association'-based prioritization analysis identifies functional candidate genes for body size in sheep. Genet. Sel. Evol.2017;49:41. DOI: https://doi.org/10.1186/s12711-017-0316-3
7. Chang C. C., Chow C. C., Tellier L. C., Vattikuti S., Purcell S. M., Lee J. J. Second-generation PLINK: rising to the challenge of larger and richer datasets. GigaScience. 2015;4:1-16. DOI: https://doi.org/10.1186/s13742-015-0047-8
8. Keenan K., McGinnity P., Cross T. F., Crozier W. W., Prodohl P. A. diveRsity: An R package for the estimation of population genetics parameters and their associated errors. Methods Ecol Evol. 2013;4:782-788. DOI: https://doi.org/10.1111/2041-210X.12067
9. Qiao R., Gao J., Zhang Z., Li L., Xie X., Fan Y., Cui L., Ma J., Ai H., Ren J., Huang L. Genome-wide associa-tion analyses reveal significant loci and strong candidate genes for growth and fatness traits in two pig populations. Genet Sel Evol. 2015; 47(1):17. DOI: https://doi.org/10.1186/s12711-015-0089-5
10. Gu X., Feng C., Ma L., Song C., Wang Y., Da Y., Li H., Chen K., Ye S., Ge C., Hu X., Li N. Genome-Wide Association Study of Body Weight in Chicken F2 Resource Population. PLoS ONE. 2011;6(7):e21872. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0021872
11. Jonas E., Thomson P. C., Raadsma H. W. Genome-wide association study and fine mapping of QTL on OAR 21 for body weight in sheep. Proceeding of the 9th World Congress on Genetics Applied to Livestock Produc-tion: 1-6 August 2010. Leipzig, 2010.
12. Ledur M. C., Navarro N., Perez-Enciso M. Large-scale SNP genotyping in crosses between outbred lines: how useful is it? Heredity. 2009;105:173-182. DOI: https://doi.org/10.1038/hdy.2009.149
13. Deniskova T. E., Dotsev A. V., Selionova M. I., Kunz E., Medugorac I., Reyer H., Wimmers K., Barbato M., Traspov A. A., Brem G., Zinovieva N. A. Population structure and genetic diversity of 25 Russian sheep breeds based on whole-genome genotyping. Genet Sel Evol 2018; 50(1):29. DOI: https://doi.org/10.1186/s12711-018-0399-5
14. Edea Z., Dessie T., Dadi H., Do K. T., Kim K. S. Genetic Diversity and Population Structure of Ethiopian Sheep Populations Revealed by High-Density SNP Markers. Front Genet. 2017; 8:218. DOI: https://doi.org/10.3389 /fgene.2017.00218
Рецензия
Для цитирования:
Денискова Т.Е., Доцев А.В., Петров С.Н., Форнара М.С., Рейер Х., Виммерс К., Багиров В.А., Брем Г., Зиновьева Н.А. Геномная оценка и фенотипическая характеристика F2 ресурсной популяции овец. Аграрная наука Евро-Северо-Востока. 2019;20(5):498-507. https://doi.org/10.30766/2072-9081.2019.20.5.498-507
For citation:
Deniskova T.E., Dotsev A.V., Petrov S.N., Fornara M.S., Reyer H., Wimmers K., Bagirov V.A., Brem G., Zinovieva N.A. Genomic assessment and phenotypic characteristics of F2 resource sheep population. Agricultural Science Euro-North-East. 2019;20(5):498-507. (In Russ.) https://doi.org/10.30766/2072-9081.2019.20.5.498-507